新生儿外科是目前浙江省最大的专业新生儿外科治疗中心，是国内最大的新生儿外科教学和住院医师规范化培训基地之一。学科规模及临床、科研水平居全国前列，在医、教、研各方面都具有重要影响力，是国内新生儿外科的一支重要生力军。科室共有医生11名，其中主任医师2名，副主任医师2名，博士4名，硕士7名。是中华医学会小儿外科分会新生儿外科学组副组长和中国医师协会新生儿科医师分会外科专业委员会副主任委员单位。
得益于国家儿童健康与疾病临床医学研究中心和国家区域儿童医疗中心两大平台，以及我院实力雄厚的新生儿重症监护室(NICU)，新生儿外科实力处于国内领先水平，在新生儿尤其是早产儿各种消化道畸形和NEC的救治上居于国内领先水平;年收治浙江及周边省份各种NEC及并发肠狭窄病例达100余例。与浙二医院产科联合，收治各种巨大脐膨出及腹裂患儿，手术效果良好，2019年单中心收治来自全国各地巨大脐膨出超过50例，治愈率90%以上。开展短肠综合征多学科合作诊疗模式，通过综合的肠内肠外营养，肠康复治疗及肠管延长术等，使多数短肠患儿脱离了肠外营养。并与消化科、新生儿科联合早期诊治胆道闭锁，患儿术后退黄率和自肝生存率高，并注重胆道闭锁术后的长期随访，与肝移植联合，解决了胆道闭锁患儿的后顾之忧。经过规范手术和术后的综合治疗，胆道闭锁的2年和5年自肝生存率达到76%和55%，居国内领先水平。是国内最早开展新生儿腹腔镜手术的单位之一，常规开展各种十二指肠梗阻、肠闭锁、巨结肠和幽门肥厚、直肠肛门畸形等腹腔镜手术，尤其是与麻醉和监护配合，有效开展低腹压早产儿腹腔镜手术。快速康复外科与日间手术是今年来学科发展的重点方向，通过优化围术期各项措施，采用微创手术，保障安全的前提下使患儿恢复更加快速，是国内最早开展先天性肥厚性幽门狭窄日间手术的单位。
学科主要方向有：先天性巨结肠的遗传学研究和干细胞治疗、先天性直肠肛门畸形的治疗方案选择、新生儿坏死性小肠结肠炎的临床和发病机制研究、小儿短肠综合征的肠适应研究等。团队注重学科的全面发展，科室先后承担国家自然科学基金3项，省自然科学基金2项，省科技厅项目1项，省卫生厅项目2项，其他省厅级项目6项。先后发表SCI论文17篇，国内一级杂志论文40余篇;申请实用新型专利2项。参与编写《小儿外科学》(本科生及研究生教材)，《胆道闭锁与肝移植》《小儿外科手术学》等专著。作为执笔人完成：基于快速康复的小儿外科围手术期气道管理专家共识;参与编写：先天性巨结肠的诊断及治疗专家共识，胆道闭锁诊断及治疗指南(2018版)。
